上野東京ライン特別快速土浦行き

日中に1時間1本運行され、品川駅から土浦駅まで約1時間20分。三河島・南千住・我孫子・天王台を通過する。高い速達性を誇るつくばエクスプレスに対抗するため設定され、普通列車日本最速とされる最高速度130kmで運転を行う。

日中1時間1本運行されていたが2022年3月12日のダイヤ改正で特別快速土浦行きは夕方2本に減便された。

常磐線土浦行き

上野方面から約半数ほど設定される。土浦以北に行く列車は10両編成に限られ、15両編成は土浦駅にて5両を切り離す。切り離される側の車両は回送されるため水戸行きや勝田行きであっても土浦行きと表記される。

2022年3月12日のダイヤ改正より上野方面及び水戸方面からの普通列車は日中全て土浦行きとなる。土浦駅にて上野方面及び水戸方面との列車に接続する。水戸方面の列車は5両編成なためグリーン車も日中は「品川」〜「土浦」間に限定されてしまった。

2023年3月18日ダイヤ改正より「土浦」〜「水戸」間で5両編成によるワンマン運転を開始。日中が基本で、グリーン車つきの10両やE501系での運行は従来通り車掌が乗務する。

常磐線日立行き

1日1本夜に設定されていたが2020年3月のダイヤ改正で消滅し、消滅後は勝田行きに置き換えられた。品川発の上野東京ラインでもあり乗り応えはなかなかのもの。

日立駅に着くと折り返しで我孫子行きになる。これはE531系における唯一の我孫子行きである。2022年現在のE531系我孫子行きは勝田始発になっている。

定期列車はなくなったが臨時列車で日立行きになることがある。

常磐線久ノ浜行き

いわき方面から終電時間帯に1本だけ設定。わずか3駅で終点となり久ノ浜駅に着いた列車は折り返しで久ノ浜始発いわき行きになる。この列車はいわき方面最終列車である。E501系はいわき以北に乗り入れない(草野始発はある)ためE531系のみの設定となる。

常磐線Jヴィレッジ行き

Jヴィレッジで開催の「ももいろクローバーZ」ライブイベントに合わせて臨時でいわき方面から運行されたもの。Jヴィレッジ駅開業前はE531系にJヴィレッジの行き先がなかったが開業に伴い設定された。Jヴィレッジ駅は1面2線ホームだが折り返しができる模様。

常磐線原ノ町行き

E531系最北端となる行き先。原ノ町駅は常磐線の境界となる駅で当駅を境にいわき方面、仙台方面と運転系統が分断されている。原ノ町以南からはいわき始発が基本となるが、水戸始発も少なからずある。

2011年3月11日の東日本大震災が発生してから原子力発電所事故の影響で「いわき」〜「原ノ町」間が長らく分断されいわき方面からの原ノ町行きは長年に渡り姿を消す。復旧したのは9年後の2020年3月14日の事であり、この日のダイヤ改正と共にいわき方面からの原ノ町行きが復活した。

2024年3月16日のダイヤ改正より「いわき」〜「原ノ町」間を走るE531系5両は全てワンマン化した。ここで重要なのは"E531系"であり、朝1本の草野始発にE501系が充てられるとワンマンじゃなくなる。

常磐線直通ワンマン高萩行き

水戸線は朝と夜のみ常磐線水戸方面と直通運転を行い、最長は高萩駅まで乗り入れる。2021年3月のダイヤ改正以降の水戸線は終日ワンマン運転になり、常磐線に直通すると「友部」〜「水戸」間ワンマンのまま運転する。水戸駅から高萩方面は車掌が乗務する。

ワンマン高萩行きは2022年現在小山始発が朝1本設定されている。小山駅から高萩駅まで約3時間10分。

水戸線ワンマン下館行き

2024年現在小山方面からは朝と夜、友部方面からは終電1本のみ設定されている水戸線の区間列車。「小山」〜「下館」間はこれの運行で本数が多くなっており、7時台は小山行きが4本運行されている。

東北本線ワンマン新白河行き

東北本線「黒磯」〜「新白河」に突如姿を現す青い車両、常磐線や水戸線の主力車両E531系。7駅だけE531系が走るのは黒磯以南が直流電化、黒磯以北が交流電化であるため交直流電車のE531系が走っている。この区間には水戸線の小山駅からの回送で入線する。

東北本線から戻るときも小山駅まで回送され、水戸線の普通列車として営業運転を行った後車両基地のある勝田駅へ帰っていく。

常磐線全線運転再開1周年記念HM

2011年3月の東日本大震災の影響で甚大な被害を受けた常磐線は9年の歳月をかけ全線が復旧した。全線復旧から1年後、全線運転再開1周年を記念してE531系1編成(5両)にHMが掲出。東京寄りの区間は10両に5両を連結した15両編成で見ることができた。